基迪奥单细胞转录组客户文章年中盘点平均影

往期文章中我们为大家介绍了许多单细胞转录组相关的实验流程、分析原理、软件实操、经典案例解读等等知识干货（可戳#单细胞测序#话题跳转查看），如果这些都不能说明基迪奥生物在单细胞转录组测序领域的实力，那么，抱歉了，我们只能细数客户成果打动你了！

单细胞转录组技术的“走红”也就最近两三年，而基迪奥生物率先进入单细胞转录组测序领域，从实验方案到数据分析，开发出了一套特色系统，助力客户在人、大小鼠、家禽、昆虫、水产、植物等40多个物种，82种组织类型中进行了单细胞转录组研究，覆盖细胞图谱、疾病进展、宿主免疫、分化发育等多个研究领域，研究成果两次登顶Cell，发表文章平均影响因子10＋！

表1基迪奥客户单细胞转录组文章（黄色为医学类，蓝色为农学类）

下面我们以客户文章为例，来看一下单细胞转录组技术是如何应用于各大研究领域。

细胞图谱研究

细胞图谱是单细胞转录组技术最为基础又最为核心的一个分析内容，后续所有的数据挖掘都是建立在细胞图谱的基础之上的。所谓细胞图谱研究，也就是对获得的单细胞图谱进行基础解析，包括细胞亚群鉴定、亚群特征基因分析、亚群的细分分析等，这也是单细胞转录组技术兴起时主要的文章类型。随着单细胞转录组技术的发展，文章的复杂程度逐渐增加，但对于还未借助单细胞转录组解析过的物种或组织，仍然适合这种基础的细胞图谱研究。

scRNA-seq绘制首篇罗非鱼头肾组织免疫细胞图谱

研究物种：

罗非鱼

发表期刊：

Genomics

影响因子：

6.

发表时间：

年9月

合作单位：

广东海洋大学

研究背景

非特异性细胞毒性细胞（Non-specificcytotoxiccells，NCC）被认为是存在于硬骨鱼中的、物种进化上的NK祖细胞，在鱼类的免疫反应中发挥着与NK细胞类似的功能，却一直缺乏完善的标记基因和细胞亚型描述。

实验设计

文章以尼罗罗非鱼（Niletilapia）作为研究对象，使用腹腔注射PolyI:C的方式激活NCC细胞，并以PBS注射作为对照。24小时后，获取罗非鱼的头肾组织制备单细胞悬液，密度梯度离心分离免疫细胞用于10XGenomics单细胞转录组建库。

研究结果

1.罗非鱼头肾组织一共包含NCC、B细胞、T细胞和巨噬细胞四大类（图1A）。

2.NCC再分群得到4个子亚群（图1A）：记忆NCC（memory-likeNCC，cluster7、10）、前体NCC（pre-NCC，cluster3、4、8）、未成熟NCC（immatureNCC，cluster0、1、5）和成熟NCC（matureNCC，cluster2、6、9）。

3.NCC四个亚型之间表现出明显的表达差异性（图1B），而它们的表达特征又与NK细胞的表达特征相符，这一结果支持NCC细胞是NK细胞的进化上的前体的观点。

图1A）罗非鱼头肾组织全局细胞图谱（右），NCC亚群再分群（左）；B）NCC亚群各子亚群特征表达基因

疾病进展研究

疾病进展包括疾病的发生、发展、预后等过程，一直是科研和临床重点

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